Στην Χώρα της Νάξου:

Αρχαιολογικό Μουσείο Νάξου

Επιτόπιο Αρχαιολογικό Μουσείο

Βυζαντινό Μουσείο

Ενετικό Μουσείο

Στο χωριό της Απειράνθου:

 Αρχαιολογικό Μουσείο Απειράνθου

Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Απειράνθου

Μουσείο Εικαστικών Τεχνών Απειράνθου

Λαογραφικό Μουσείο Απειράνθου

Στο χωριό των Εγγαρών:

 Ελαιοτριβείο Εγγαρών

Στο χωριό της Βίβλου (Τρίποδες):
Λαογραφικό Μουσείο Βίβλου

Στον Γύρουλα Σαγκρίου:

Μουσείο του Ναού της Δήμητρας

Στο χωριό των Μελάνων:

Μουσειακή Συλλογή Μελάνων